CNC системасы иштетилгенде, керектүү кесүүлөр программалык камсыздоого программаланат жана робот сыяктуу белгиленген өлчөмдөгү тапшырмаларды аткарган тиешелүү шаймандарга жана машиналарга жазылат.

CNC программалоодо, сандык системанын ичиндеги код генератору каталар болушу мүмкүн экендигине карабастан, механизмдерди кемчиликсиз деп эсептейт, бул CNC машинасы бир эле учурда бир нече багытта кесүүгө багытталган сайын көбүрөөк болот.Сандык башкаруу тутумунда инструментти жайгаштыруу бөлүгү программа деп аталган бир катар киргизүүлөр менен сүрөттөлөт.

Сандык башкаруучу машина менен программалар перфокарталар аркылуу киргизилет.Ал эми CNC машиналары үчүн программалар кичинекей клавиатуралар аркылуу компьютерлерге берилет.CNC программалоо компьютердин эсинде сакталат.Коддун өзү программисттер тарабынан жазылып, редакцияланат.Ошондуктан, CNC системалары алда канча кенен эсептөө мүмкүнчүлүктөрүн сунуштайт.Баарынан да жакшысы, CNC системалары статикалык эмес, анткени мурунку программаларга кайра каралып чыккан код аркылуу жаңы сунуштарды кошууга болот.